Actualmente, se encontaba en el MK Maribor, pero ha pasado por varios equipos como el Klagenfurt, Voitsberg, Mattersburg, LASK, Litex Lovech, Colonia, Omiya Ardija, Shimizu S-Pulse o Nagoya Grampus 8.
Novakovic ha sido en 79 ocasiones internacional con Eslovenia, logrando marcar 31 goles. Este jugador ha marcado un antes y un después para su país aportando sus tantos.
En la última temporada, participó en 26 partidos y anotó 11 dianas con el Maribor. Sin lugar a dudas, se retira un currante en el mundo del fútbol. Milivoje Novakovic cuelga las botas.