En la Copa de la UEFA, el club castellonense disputó 38 partidos y en la Europa League, en la que ha jugado con asiduidad desde la campaña 2009-10, 61 encuentros. El balance del Villarreal en esta competición es de 56 victorias, 22 empates y 21 derrotas, en los que ha marcado 177 goles y ha recibido 102.
En casa ha ganado 37 encuentros, con seis empates y otras tantas derrotas, mientras que a domicilio acumula 19 triunfos, 16 empates y 15 derrotas. De sus goles, 107 los ha marcado como local y 70 a domicilio, mientras que en campo propio le han metido 36 y como visitante, 66.
En estos 99 partidos se ha enfrentado en eliminatorias al Salzburgo, Zurich, Astana, Bayer Leverkusen, Roma y Steaua de Bucarest, y ha disputado tres semifinales en las que cayó ante Valencia (03-04), Oporto (09-10) y Liverpool (15-16).